Nuova pubblicazione - Il genoma della lucertola delle Eolie Podarcis raffonei

Questa risorsa è un prodotto del progetto PRIN Endemixit
Tipologia news: 
home
Data pubblicazione
Pubblicato il: 
14/03/2023

La lucertola muraiola delle Eolie, Podarcis raffonei, è una specie a rischio di estinzione endemica dell'arcipelago delle Eolie, dove è presente solo in tre minuscoli isolotti e in uno stretto promontorio di un'isola più grande. A causa dell'area di occupazione estremamente limitata, della grave frammentazione della popolazione e del suo declino, è stata classificata come in pericolo critico dall'Unione Internazionale per la Conservazione della Natura (IUCN).

Utilizzando un approccio di sequenziamento PacBio ad alta fedeltà (HiFi), la mappatura ottica tramite tecnologie Bionano e il sequenziamento di cattura della conformazione della cromatina di Arima (Hi-C), è stato prodotto un genoma di riferimento su scala cromosomica di alta qualità per questa specie, che include i cromosomi sessuali Z e W. L'assemblaggio finale comprende 1,51 Gb di sequenza distibuiti su 28 scaffold con un contig N50 di 61,4 Mb, uno scaffold N50 di 93,6 Mb e una completezza BUSCO del 97,3%. Questo genoma costituisce una risorsa preziosa per guidare potenziali sforzi di conservazione di questa specie e, più in generale, dei rettili squamati che sono sottorappresentati in termini di risorse genomiche disponibili di alta qualità.

 

Questo lavoro, pubblicato sulla rivista Journal of Heredity, è stato prodotto nell'ambito del progetto PRIN Endemixit - Population Genomics of Italian Endemics (https://endemixit.com), coordinato dall'Università di Ferrara, in collaborazione con l'Università di Firenze, l'Università di Padovae l'Università di Trieste. Per il DSV è stato coinvolto il gruppo di genomica applicata e comparata.

 

L'articolo completo può essere letto a questo link: https://doi.org/10.1093/jhered/esad014

Ultimo aggiornamento: 14-03-2023 - 11:51
Share/Save