Indirizzo

Servizio Sequenziamento DNA
Dipartimento di Scienze della Vita
Università di Trieste
Edificio Q, via Licio Giorgieri 5
34127 Trieste

Direzione scientifica

  Strumentazione disponibile

Il Servizio di Sequenziamento si avvale della piattaforma ION PGM dell’ION TORRENT, comprendente il sistema automatizzato per la formazione delle Ion Sphere™ Particles (ISPs) positive (leganti i filamenti da sequenziare) formato dagli strumenti Ion OneTouch™ 2 e Ion OneTouch™ ES (per l’arricchimento delle sfere positive). Il sequenziamento viene poi eseguito sulla Personal Genome Machine (PGM™), il cui fulcro è rappresentato dal chip, contenente più di 1 milione di pozzetti alloggianti ognuno un singolo filamento di DNA. Questi possono registrare variazioni di pH conseguenti all’incorporazione di nucleotidi in ogni singolo pozzetto e poiché ognuno conterrà un singolo filamento di DNA, permetterà un massivo sequenziamento in parallelo.

  Servizi offerti

Il personale del Servizio di Sequenziamento mette a disposizione le proprie competenze per la gestione di progetti di sequenziamento a partire dal disegno dei primers all’estrazione del DNA al sequenziamento ed analisi dei dati, sia come servizio che in forma di collaborazione scientifica.

Il personale ha grande esperienza nel campo della metagenomica 16S, 18S, COI e nella progettazione delle librerie per lo studio di comunità microbiche, fungine, in ambiente marino, in depositi terrestri e in microbioti da vari distretti umani.

L’esperienza sull’analisi dei frammenti STR (di DNA) per l’identificazione personale e la caratterizzazione di linee cellulari è ormai pluridecennale.

Servizio di supporto all'analisi bioinformatica dei dati.

  Operatori

Servizio  Sequenziamento Ion Torrent

Dott.ssa Fabrizia Gionechetti    
e-mail: fgionechetti@units.it
tel. +39 558 8626

Tariffe utenti

Tariffario Servizio Sequenziamento DNA

Pubblicazioni

1. Auguste, M.; Lasa, A.; Balbi, T.; Pallavicini, A.; Vezzulli, L.; Canesi, L. Impact of Nanoplastics on Hemolymph Immune Parameters and Microbiota Composition in Mytilus Galloprovincialis. Marine Environmental Research 2020, 159, 105017, doi:10.1016/j.marenvres.2020.105017.

2. Auguste, M.; Lasa, A.; Pallavicini, A.; Gualdi, S.; Vezzulli, L.; Canesi, L. Exposure to TiO2 Nanoparticles Induces Shifts in the Microbiota Composition of Mytilus Galloprovincialis Hemolymph. Science of The Total Environment 2019, 670, 129–137, doi:10.1016/j.scitotenv.2019.03.133.

3. Balbi, T.; Vezzulli, L.; Lasa, A.; Pallavicini, A.; Canesi, L. Insight into the Microbial Communities Associated with First Larval Stages of Mytilus Galloprovincialis: Possible Interference by Estrogenic Compounds. Comparative Biochemistry and Physiology Part C: Toxicology & Pharmacology 2020, 237, 108833, doi:10.1016/j.cbpc.2020.108833.

4. Banchi, E.; Ametrano, C.G.; Tordoni, E.; Stanković, D.; Ongaro, S.; Tretiach, M.; Pallavicini, A.; Muggia, L.; Verardo, P.; Tassan, F.; et al. Environmental DNA Assessment of Airborne Plant and Fungal Seasonal Diversity. Science of The Total Environment 2020, 738, 140249, doi:10.1016/j.scitotenv.2020.140249.

5. Banchi, E.; Ametrano, C.G.; Stanković, D.; Verardo, P.; Moretti, O.; Gabrielli, F.; Lazzarin, S.; Borney, M.F.; Tassan, F.; Tretiach, M.; et al. DNA Metabarcoding Uncovers Fungal Diversity of Mixed Airborne Samples in Italy. PLOS ONE 2018, 13, e0194489, doi:10.1371/journal.pone.0194489.

6. Banchi, E.; Stankovic, D.; Fernández-Mendoza, F.; Gionechetti, F.; Pallavicini, A.; Muggia, L. ITS2 Metabarcoding Analysis Complements Lichen Mycobiome Diversity Data. Mycol Progress 2018, 17, 1049–1066, doi:10.1007/s11557-018-1415-4.

7. Celussi, M.; Quero, G.M.; Zoccarato, L.; Franzo, A.; Corinaldesi, C.; Rastelli, E.; Lo Martire, M.; Galand, P.E.; Ghiglione, J.-F.; Chiggiato, J.; et al. Planktonic Prokaryote and Protist Communities in a Submarine Canyon System in the Ligurian Sea (NW Mediterranean). Progress in Oceanography 2018, 168, 210–221, doi:10.1016/j.pocean.2018.10.002.

8. Fornasaro, S.; Esposito, A.; Florian, F.; Pallavicini, A.; De Leo, L.; Not, T.; Lagatolla, C.; Mezzarobba, M.; Di Silvestre, A.; Sergo, V.; et al. Spectroscopic Investigation of Faeces with Surface-Enhanced Raman Scattering: A Case Study with Coeliac Patients on Gluten-Free Diet. Anal Bioanal Chem 2022, 414, 3517–3527, doi:10.1007/s00216-022-03975-y.

9. Franzo, A.; Auriemma, R.; Nasi, F.; Vojvoda, J.; Pallavicini, A.; Cibic, T.; Del Negro, P. Benthic Ecosystem Functioning in the Severely Contaminated Mar Piccolo of Taranto (Ionian Sea, Italy): Focus on Heterotrophic Pathways. Environ Sci Pollut Res 2016, 23, 12645–12661, doi:10.1007/s11356-015-5339-0.

10. Gerdol, M.; Lucente, D.; Buonocore, F.; Poerio, E.; Scapigliati, G.; Mattiucci, S.; Pallavicini, A.; Cimmaruta, R. Molecular and Structural Characterization of MHC Class II β Genes Reveals High Diversity in the Cold-Adapted Icefish Chionodraco Hamatus. Sci Rep 2019, 9, 5523, doi:10.1038/s41598-019-42003-5.

11. Giglio, A.; Vommaro, M.L.; Gionechetti, F.; Pallavicini, A. Gut Microbial Community Response to Herbicide Exposure in a Ground Beetle. Journal of Applied Entomology 2021, 145, 986–1000, doi:10.1111/jen.12919.

12. Hattab, J.; Marruchella, G.; Pallavicini, A.; Gionechetti, F.; Mosca, F.; Trachtman, A.R.; Lanci, L.; Gabrielli, L.; Tiscar, P.G. Insights into the Oral Bacterial Microbiota of Sows. Microorganisms 2021, 9, 2314, doi:10.3390/microorganisms9112314.

13. Lasa, A.; di Cesare, A.; Tassistro, G.; Borello, A.; Gualdi, S.; Furones, D.; Carrasco, N.; Cheslett, D.; Brechon, A.; Paillard, C.; et al. Dynamics of the Pacific Oyster Pathobiota during Mortality Episodes in Europe Assessed by 16S RRNA Gene Profiling and a New Target Enrichment Next-Generation Sequencing Strategy. Environmental Microbiology 2019, 21, 4548–4562, doi:10.1111/1462-2920.14750.

14. Nicchia, E.; Greco, C.; De Rocco, D.; Pecile, V.; D’Eustacchio, A.; Cappelli, E.; Corti, P.; Marra, N.; Ramenghi, U.; Pillon, M.; et al. Identification of Point Mutations and Large Intragenic Deletions in Fanconi Anemia Using Next-Generation Sequencing Technology. Molecular Genetics & Genomic Medicine 2015, 3, 500–512, doi:10.1002/mgg3.160.

15. Rončević, T.; Gerdol, M.; Spazzali, F.; Florian, F.; Mekinić, S.; Tossi, A.; Pallavicini, A. Parallel Identification of Novel Antimicrobial Peptide Sequences from Multiple Anuran Species by Targeted DNA Sequencing. BMC Genomics 2018, 19, 827, doi:10.1186/s12864-018-5225-5.

16. Schroeder, A.; Pallavicini, A.; Edomi, P.; Pansera, M.; Camatti, E. Suitability of a Dual COI Marker for Marine Zooplankton DNA Metabarcoding. Marine Environmental Research 2021, 170, 105444, doi:10.1016/j.marenvres.2021.105444.

17. Stefanni, S.; Stanković, D.; Borme, D.; de Olazabal, A.; Juretić, T.; Pallavicini, A.; Tirelli, V. Multi-Marker Metabarcoding Approach to Study Mesozooplankton at Basin Scale. Sci Rep 2018, 8, 12085, doi:10.1038/s41598-018-30157-7.

18. Tordoni, E.; Ametrano, C.G.; Banchi, E.; Ongaro, S.; Pallavicini, A.; Bacaro, G.; Muggia, L. Integrated EDNA Metabarcoding and Morphological Analyses Assess Spatio-Temporal Patterns of Airborne Fungal Spores. Ecological Indicators 2021, 121, 107032, doi:10.1016/j.ecolind.2020.107032.

19. Zoccarato, L.; Celussi, M.; Pallavicini, A.; Fonda Umani, S. Aurelia Aurita Ephyrae Reshape a Coastal Microbial Community. Frontiers in Microbiology 2016, 7.

20. Zoccarato, L.; Pallavicini, A.; Cerino, F.; Fonda Umani, S.; Celussi, M. Water Mass Dynamics Shape Ross Sea Protist Communities in Mesopelagic and Bathypelagic Layers. Progress in Oceanography 2016, 149, 16–26, doi:10.1016/j.pocean.2016.10.003.

21. Giuseppina Campisciano, Fiorella Florian, Angela D'Eustacchio, David Stanković, Giuseppe Ricci and Manola Comar. 2017. Subclinical Alteration of the Cervical-Vaginal Microbiome in Women with Idiopathic Infertility. Journal of Cellular Physiology. Accepted manuscript online: 18 JAN 2017, DOI: 10.1002/jcp.25806