Sequenziamento DNA

 

Indirizzo

Servizio Sequenziamento DNA
Dipartimento di Scienze della Vita
Università di Trieste
Edificio Q, via Licio Giorgieri 5
34127 Trieste

 

Direzione scientifica

Prof. Alberto Pallavicini       
e-mail:  pallavic@units.it
tel. +39 040 558 8736
 
Dott.ssa Fiorella Florian       
tel. +39 558 8738

 

  Strumentazione disponibile

Il Servizio di Sequenziamento si avvale della piattaforma ION PGM dell’ION TORRENT, comprendente il sistema automatizzato per la formazione delle Ion Sphere™ Particles (ISPs) positive (leganti i filamenti da sequenziare) formato dagli strumenti Ion OneTouch™ 2 e Ion OneTouch™ ES (per l’arricchimento delle sfere positive). Il sequenziamento viene poi eseguito sulla Personal Genome Machine (PGM™), il cui fulcro è rappresentato dal chip, contenente più di 1 milione di pozzetti alloggianti ognuno un singolo filamento di DNA. Questi possono registrare variazioni di pH conseguenti all’incorporazione di nucleotidi in ogni singolo pozzetto e poiché ognuno conterrà un singolo filamento di DNA, permetterà un massivo sequenziamento in parallelo.

Il servizio di Sequenziamento dispone anche di uno strumento Applied Biosystems® 3130 Genetic Analyzer a 4 capillari che consente una produttività su media-bassa scala. Lo strumento esegue analisi di frammenti e sequenziamento quali analisi di microsatelliti, AFLP, LOH, validazione di SNP, sequenziamento de novo e ricontrollo di mutazioni. Lo strumento può processare piastre fino a 96 o 384 pozzetti.


 

  Servizi offerti

Il personale del Servizio di Sequenziamento mette a disposizione le proprie competenze per la gestione di progetti di sequenziamento a partire dal disegno dei primers all’estrazione del DNA al sequenziamento ed analisi dei dati, sia come servizio che in forma di collaborazione scientifica.

Il personale ha grande esperienza nel campo della metagenomica 16S, 18S, COI e nella progettazione delle librerie per lo studio di comunità microbiche, fungine, in ambiente marino, in depositi terrestri e in microbioti da vari distretti umani.

L’esperienza sull’analisi dei frammenti STR (di DNA) per l’identificazione personale e la caratterizzazione di linee cellulari è ormai pluridecennale.

Servizio di supporto all'analisi bioinformatica dei dati.


 

  Operatori

Servizio  Sequenziamento Ion Torrent

Dott.ssa Fabrizia Gionechetti    
e-mail: fgionechetti@units.it 
tel. +39 558 8626

 
Servizio Sequenziamento  Applied Biosystems® 3130 Genetic Analyzer
Dott.ssa Valentina Torboli 
e-mail: vtorboli@units.it
tel. +39 558 8734
 

 

Tariffe utenti

PDF icon Tariffario Servizio Sequenziamento DNA


 

Pubblicazioni

Giuseppina Campisciano, Fiorella Florian, Angela D'Eustacchio, David Stanković, Giuseppe Ricci and Manola Comar. 2017.

Subclinical Alteration of the Cervical-Vaginal Microbiome in Women with Idiopathic Infertility. Journal of Cellular Physiology. Accepted manuscript online: 18 JAN 2017, DOI: 10.1002/jcp.25806

 

Ultimo aggiornamento: 09-04-2019 - 12:36