Un'analisi comparativa tra geni di riferimento di nuova identificazione e comunemente usati nei tessuti adulti di Mytilus galloprovincialis

Riassunto
La PCR quantitativa real-time è un metodo ampiamente utilizzato per condurre analisi di espressione genica in diversi organismi. La sua accuratezza dipede principalmente su una corretta selezione di geni di riferimento. Qualsiasi piano sperimentale che riguardi approcci in real-time PCR deve necessariamente valutare le caratteristiche dei campioni da analizzare e la stabilità relativa dei geni di riferimento. La maggior parte degli studi condotti nei mollusci utilizza geni di riferimento comunemente uilizzati nei vertebrati. In questo studio ci siamo focalizati sul trascrittoma del mollusco bivalve Mytilus galloprovincialis in condizioni fisiologiche per identificare dei geni di riferimento affidabili in diversi tessuti adulti. I geni candidati che mostrassero un livello di espressione stabile in 51 dataset di esperimenti RNA-seq sono stati selezionati tramite un analisi bioinformatica su larga scale. Questo approccio ha portato all'identificazione di 3 geni (Rpl14, Rpl32 and Rpl34), la cui validità è stata valutata assieme a 7 altr geni di riferimento comunemente riportati in letteratura (Act, Cyp-A, Ef1α, Gapdh, 18S, 28S and Rps4). Le analisi di stabilità condotte con geNorm, NormFinder e Bestkeeper hanno identificato singoli geni o coppie di geni che potessero essere considerati come validi geni di riferimento per analisi di espressione genica in specifici tessuti, rivelando la coppia Act/Cyp-A come quella più appropriata per analizzare l'espressione genica in più tessuti. Mytilus galloprivincialis è un sistema modello via via sempre più utilizzato in studi molecolari ed ecotossicologici. Il nostro approccio trascrittomico rappresenta la prima investigazione completa dedicata all'identificazione di geni di riferimento utili per condurre studi di espressione genica in questa specie.

Lo studio è stato condotto dal Laboratorio di genomica applicata e comparata del DSV, in collaborazione con la dott.ssa Maria Sirakov della Stazione Zoologica Anton Dohrn di Napoli.