Servizio Sequenziamento DNA

 

DNA Sequencing Service
Edificio Q, via Licio Giorgieri, 5 - 34127 Trieste
Dipartimento di Scienze della Vita, Università di Trieste

 

STRUMENTAZIONE DISPONIBILE

Il Servizio di Sequenziamento si avvale della piattaforma ION PGM dell’ION TORRENT, comprendente il sistema automatizzato per la formazione delle Ion Sphere™ Particles (ISPs) positive (leganti i filamenti da sequenziare) formato dagli strumenti Ion OneTouch™ 2 e Ion OneTouch™ ES (per l’arricchimento delle sfere positive). Il sequenziamento viene poi eseguito sulla Personal Genome Machine (PGM™), il cui fulcro è rappresentato dal chip, contenente più di 1 milione di pozzetti alloggianti ognuno un singolo filamento di DNA. Questi possono registrare variazioni di pH conseguenti all’incorporazione di nucleotidi in ogni singolo pozzetto e poiché ognuno conterrà un singolo filamento di DNA, permetterà un massivo sequenziamento in parallelo.

Il servizio di Sequenziamento dispone anche di uno strumento Applied Biosystems® 3130 Genetic Analyzer a 4 capillari che consente una produttività su media-bassa scala. Lo strumento esegue analisi di frammenti e sequenziamento quali analisi di microsatelliti, AFLP, LOH, validazione di SNP, sequenziamento de novo e ricontrollo di mutazioni. Lo strumento può processare piastre fino a 96 o 384 pozzetti.

 

SERVIZI OFFERTI

Il personale del Servizio di Sequenziamento mette a disposizione le proprie competenze per la gestione di progetti di sequenziamento a partire dal disegno dei primers all’estrazione del DNA al sequenziamento ed analisi dei dati, sia come servizio che in forma di collaborazione scientifica.

Il personale ha grande esperienza nel campo della metagenomica 16S, 18S, COI e nella progettazione delle librerie per lo studio di comunità microbiche, fungine, in ambiente marino, in depositi terrestri e in microbioti da vari distretti umani.

L’esperienza sull’analisi dei frammenti STR (di DNA) per l’identificazione personale e la caratterizzazione di linee cellulari è ormai pluridecennale.

Servizio di supporto all'analisi bioinformatica dei dati.

 


 

TARIFFE UTENTI

 

PDF icon Tariffario Servizio Sequenziamento DNA

 


 

 

 


 

References

Giuseppina Campisciano, Fiorella Florian, Angela D'Eustacchio, David Stanković, Giuseppe Ricci and Manola Comar. 2017.

Subclinical Alteration of the Cervical-Vaginal Microbiome in Women with Idiopathic Infertility. Journal of Cellular Physiology. Accepted manuscript online: 18 JAN 2017, DOI: 10.1002/jcp.25806

 

Ultimo aggiornamento: 08-02-2017 - 11:08